Şəfa Futbol Klubu 1998-ci ildə təsis edilmişdir. Klub fəaliyyətinə Azərbaycanın U-18 milli komandasının futbolçuları ilə başlamışdır. Qısa müddətdə yüksək rəqabət səviyyəsində öz mövqeyini möhkəmləndirmiş, FIFA və UEFA-nın dəstəyi ilə öz stadionunu inşa etmişdir.
2000/2001 mövsümündə Şəfa Azərbaycan Kubokunun qalibi olmuşdur.
2025-ci ildə klub Azərbaycan II Liqasında 2-ci yeri tutaraq I Liqaya vəsiqə qazanmışdır. Hazırda Şəfa Azərbaycan I Liqasında çıxış edir və Premyer Liqaya yüksəlmək uğrunda mübarizədə ön sıralarda qərarlaşıb.
Premyer Liqaya yüksəldikdən sonra klubun uzunmüddətli hədəfi UEFA Çempionlar Liqasına vəsiqə qazanmaq və bu turnirdə uğurla çıxış etməkdir.